Основными функциями иммунологического отдела является обеспечение иммунологической безопасности при гематрансфузиях.
В своей работе иммунологический отдел использует современные методы исследования такие как гелевые технологии и моноклональные антитела, что позволяет,проводить фенотипирование по десяти трансфузионно опасным антигенам эритроцитов у доноров и реципиентов.Проводить скрининг и идентификацию аллоиммуных антител, которые являются причиной иммунологического конфликта матери и плода и причиной гематрансфузионных реакции и осложнений.При переливании эритроцитсодержащих компонентов реципиентам в иммунологическом отделе проводится специальный подбор крови с учётом антигенной структуры эритроцитов донора и реципиента. В отделе проводятся определение групп крови и резус принадлежность в сложнодиагносцируемых случаях. Оказывает консультативную помощь ЛПУ республики по вопросам иммунологической совместимости.